Razvoj novih računskih orodij na PDB ravni za odkrivanje zdravil

Razvoj novih računskih orodij na PDB ravni za odkrivanje zdravil

 

J1-9186

 

prof. dr. Dušanka Janežič

 

UP FAMNIT

 

UL Fakulteta za Farmacijo, UM Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo

 

Javna agencija RS za raziskovalno dejavnost (ARRS)

 

temeljni projekt

 

1.07 Računsko intenzivne metode in aplikacije

 

1.7.2018 - 30.6.2021

 

Cilj raziskovalnega projekta je razvoj novih metodoloških in računskih rešitev, ki se izvajajo kot prosto dostopni spletni strežnik za napovedovanje odziva na zdravila z napovedovanjem vezavnih mest in njihovih ligandov ter napovedovanje učinkov variant zaporedja na afiniteto vezave za molekule za zdravila. Medtem ko je bilo predstavljenih več metod za upoštevanje fleksibilnosti proteinov, se je MD pri vseh atomih doslej uporabljal le za specifične beljakovine, ki so v interesu, in je premalo učinkovit za uporabo v celotni podatkovni zbirki PDB. Dostop do dolge časovne lestvice z MD se ne more uresničiti z zgolj povečanjem računskih virov. Namesto tega je treba voditi metodološke izboljšave. Razvoj metod na tem področju je izredno zahteven, saj je ta raziskava na prečni poti bioinformatike, matematičnih algoritmov, biokemije in statističnih ansamblov. Razvili bomo nov pristop za sistematizacijo učinkov različnih zaporednih variant genov, ki kodirajo ciljne beljakovine znanih aktivnih snovi in bo še posebej koristen v okviru natančne medicine.

 

Oddelek za matematiko