Univerza na Primorskem Fakulteta za matematiko, naravoslovje in informacijske tehnologije
-->
SI | EN

Razvoj računalniških algoritmov za simulacijo molekulske dinamike

natisni

Naslov projekta:
Razvoj računalniških algoritmov za simulacijo molekulske dinamike
 
Vodja projekta:
prof. dr. Dušanka Janežič
 
Nosilna institucija v Sloveniji:
UP FAMNIT
 
Partnerska institucija:
NIH/NHLBI/Lab. of Computational Biology
 
Financer projekta:
Javna agencija RS za raziskovalno dejavnost (ARRS)
 
Vrsta projekta:
Znanstveno-raziskovalno sodelovanje med RS in ZDA
 
Raziskovalno področje (ARRS):
1.07 - Naravoslovno-matematične vede/Računalniško intenzivne metode in aplikacije
 
Trajanje projekta:
1.1.2015 - 31.12.2016
 
Predstavitev projekta:
Cilj raziskovalnega projekta je povečanje natančnosti in učinkovitosti obstoječih algoritmov za simulacije molekulske dinamike makromolekularnih sistemov. Predvsem nameravamo: i) učinkovito reševati klasične in kvantne enačbe gibanja s pomočjo novo razvitih simplektičnih algoritmov, ki temeljijo na analitični obravnavi visokofrekvenčnih gibanj, ii) upoštevati kvantne efekte pri dinamiki lahkih delcev s pomočjo metod za propagacijo valovnih paketov in teorije gostotnih funkcionalov in iii) izboljšati obravnavo topila pri simulaciji molekulske dinamike z razvojem metod, kjer le hidratacijsko plast topila predstavimo eksplicitno, preostali del topila pa implicitno. Metodološke izboljšave bodo omogočile povečanje zmogljivosti obstoječih algoritmov tako glede velikostne kot časovne skale in s tem prispevale k boljšemu vpogledu v odnos med strukturo in funkcijo obravnavanega sistema. Uporabnost novo razvitih metod in pristopov bomo pokazali na nekaterih biološko zanimivih primerih.
 
Oddelek UP FAMNIT, v okviru katerega se izvaja projekt:
Oddelek za aplikativno naravoslovje