Prosto delovno mesto: bioinformatik/-čarka

☰ Meni

Na Kliničnem inštitutu za specialno laboratorijsko diagnostiko (KISLD), v okviru Pediatrične klinike UKC Ljubljana, iščejo bioinformatika oz. bioinformatičarko, ki bo sodeloval/-a pri razvoju diagnostičnih rešitev za redke bolezni. Delo poteka v laboratoriju za genetsko diagnostiko pediatričnih redkih bolezni, z uporabo sekvenatorjev Illumina NovaSeq 6000 in Oxford Nanopore PromethION in naprednih bioinformatskih metod. Razpisano mesto je vezano na nadomeščanjem materinskega dopusta, z možnostjo podaljšanja po izteku obdobja nadomeščanja.

Opis del in nalog

•Vzdrževanje in razvoj bioinformacijskih cevovodov za analizo WES/WGS podatkov, zgrajenih na ogrodju nf-core (Nextflow).
•Postavitev, vzdrževanje in posodabljanje platforme za filtriranje genetskih variant ter povezanih anotacijskih baz (npr. loqusdb, ClinVar, HPO/OMIM viri, PanelApp) za klinično interpretacijo variant.
•Razvoj in implementacija algoritmov za nadzor kakovosti pri diagnostičnih genetskih analizah.
•Optimizacija računskih virov in vsebnikov (vozlišča, procesorska jedra, grafični pospeševalniki) za analizo visokorazsežnih genomskih podatkov.
•Razvoj in vzdrževanje lokalnih podatkovnih genomskih baz.
•Sodelovanje pri raziskovalnih projektih s področja humane genomike.
•Predstavitve znanstveno-raziskovalnega dela na konferencah in v publikacijah.

Pričakovana znanja

•Zaključen magistrski ali doktorski študij bioinformatike, biostatistike, računalništva, biokemije, biotehnologije, biologije, biomedicine ali sorodnega področja.
•Strokovno znanje s področja razvoja baz podatkov, bioinformatike, genomskih analiz, statistike in/ali visokozmogljivega računalništva.
•Dobre sposobnosti kodiranja (Python, R, bash).
•Poznavanje bioinformatskih algoritmov in dobrih praks razvoja programskih orodij.

Prednost bodo imeli kandidati

•Z izkušnjami pri prenosu programskih orodij iz razvojne v produkcijsko fazo.
•Z izkušnjami in poznavanjem algoritmov iz področja genomskih podatkov.
•S poznavanjem Slurm ter vsebnikov Docker in Singularity.
•Z izkušnjami in poznavanjem tehnik strojnega učenja ter orkestriranja agentov umetne inteligence.
•Z dobrimi komunikacijskimi, predstavitvenimi in pisnimi sposobnostmi.
•Ki so natančni, kreativni in samoiniciativni.

Podatki o prijavi

Prijave bodo obravnavane sproti. Motivacijsko pismo in življenjepis pošljite doc. dr. Barbari Jenko Bizjan, na kratko opišite raziskovalne interese in izkušnje ter kako se delovno mesto ujema z vašim ozadjem in interesi. E-pošta: barbara.jenko.bizjan@kclj.si